摘要與主要研究

背景：多項研究表明，腸道微生物群與淋巴瘤的發(fā)展之間可能存在聯(lián)系，盡管這種關(guān)系的確切性質(zhì)尚不清楚。本研究旨在探討腸道微生物群與淋巴瘤之間是否存在因果關(guān)系。

方法：采用雙向雙樣本孟德爾隨機(jī)化 （MR） 方法研究腸道菌群與各種淋巴瘤亞型之間的潛在因果關(guān)系。MR分析采用的主要方法是逆方差加權(quán)（IVW），并輔以其他方法，包括MR-Egger、加權(quán)中位數(shù)和加權(quán)模態(tài)方法。進(jìn)行Cochrane Q檢驗、MR-PRESSO全局試驗和MR-Egger截距試驗以評估多效性和異質(zhì)性。此外，還進(jìn)行了反向MR分析，以探索潛在的反向因果效應(yīng)。

結(jié)果：初步的MR分析確定了腸道微生物群中遺傳責(zé)任與不同淋巴瘤亞型之間的36種因果關(guān)系。MR-PRESSO檢驗和MR-Egger回歸均未檢測到任何多效性，Cochran的Q檢驗未顯示顯著異質(zhì)性。

結(jié)論：我們的MR分析揭示了腸道微生物群與淋巴瘤之間的實質(zhì)性因果關(guān)系，為淋巴瘤的預(yù)防和管理微生物群提供了新的見解。

在我們的分析中，我們最初根據(jù)預(yù)定義的標(biāo)準(zhǔn)確定了合適的工具變量。經(jīng)過數(shù)據(jù)協(xié)調(diào)，我們確定每個細(xì)菌分類群和淋巴瘤亞型都與多個SNP相關(guān)。此外，所有選定的SNP的F統(tǒng)計量都超過10，減輕了對IV強(qiáng)度的擔(dān)憂。

腸道菌群對淋巴瘤的因果關(guān)系 采用四種MR方法研究特定細(xì)菌類群與各種淋巴瘤亞型之間的因果關(guān)系。

IVW分析表明，4個腸道微生物群分類群對DLBCL有因果作用，如圖所示。我們發(fā)現(xiàn)瘤胃球菌科UCG002屬（比值比（OR）：1.43,95%置信區(qū)間（CI）：1.01-2.01，p = 0.043）和Coprobacter屬（OR：1.41,95%CI：1.01-1.96，p = 0.044） 與DLBCL的風(fēng)險呈正相關(guān)。 相反，Alistipes屬（OR：0.57,95%CI：0.33–0.98，p = 0.043）和Turicibacter屬（OR：0.60,95%CI：0.38–0.96，p = 0.034 ）與DLBCL風(fēng)險呈負(fù)相關(guān)。 加權(quán)中位數(shù)和加權(quán)模式分析均顯示出手術(shù)室的一致趨勢。

IVW分析表明，8個腸道微生物群分類群對FL有因果關(guān)系。我們發(fā)現(xiàn)桿菌目（OR：1.32,95% CI：1.02–1.73，p = 0.038）、擬桿菌屬 S24 7 組（OR：1.50,95% CI：1.03–2.20，p = 0.036）、XIII 科（OR：1.99,95% CI：1.03–3.83，p = 0.040）、腹分歧桿 菌屬（OR：1.53,95% CI：1.02–2.29，p = 0.040）和瘤胃梭菌屬 9（OR： 1.83， 95% CI： 1.00–3.32， p = 0.048） 與 FL 風(fēng)險呈正相關(guān)，而 Peptostreptococcaceae 家族 （OR： 0.63， 95% CI： 0.43–0.93， p = 0.019）、嗜血桿菌屬 （OR： 0.70， 95% CI： 0.49–0.99， p = 0.049） 和瘤胃球菌科 NK4A214 組 （OR： 0.55， 95% CI： 0.32–0.93， p = 0.025） 與 FL 風(fēng)險呈負(fù)相關(guān)。加權(quán)中位數(shù)和加權(quán)模式在OR中均表現(xiàn)出一致的趨勢。

IVW 分析表明，11 個腸道微生物群分類群對成熟的 T/NK 細(xì)胞淋巴瘤具有因果作用。我們發(fā)現(xiàn)瘤胃球菌科UCG004屬（OR：2.06,95%CI：1.05-4.04，p = 0.035 ）與成熟T/NK細(xì)胞淋巴瘤的風(fēng)險呈正相關(guān)。相反，一些分類群與風(fēng)險呈負(fù)相關(guān)，包括甲烷桿菌科（OR：0.51,95% CI：0.32-0.84，p = 0.007）和 甲烷桿菌屬（OR：0.50,95% CI：0.27-0.92，p = 0.026）、乳桿菌科（OR ：0.51,95% CI：0.28-0.94，p = 0.031）和乳酸菌屬（OR：0.51,95% CI：0.28-0.91，p = 0.023）， 疣菌科（OR：0.44,95%CI：0.20-0.98，p = 0.044 ）和Akkermansia屬（OR：0.45,95%CI：0.20-0.98，p = 0.044），雙 歧桿菌屬（OR：0.51,95%CI：0.26-0.99，p = 0.047），氧化真桿菌屬（ OR：0.44,95%CI：0.21-0.92，p = 0.030），瘤胃球菌科UCG014屬（OR：0.41,95%CI：0.28-0.96， p = 0.040）和 Lachnospiraceae 屬 UCG001 （OR： 0.38， 95% CI： 0.20–0.69， p = 0.002）。加權(quán)中位數(shù)和加權(quán)模式在OR中均表現(xiàn)出一致的趨勢。

VW分析表明，七個腸道微生物群分類群對其他和未指定類型的NHL具有因果影響，如圖所示。我們發(fā)現(xiàn)梭狀芽胞桿菌目（OR：1.71,95% CI：1.07–2.76，p = 0.026）、Defluviitaleaceae 科（OR：1.47,95% CI：1.03–2.11，p = 0.034）、黃酮屬（OR：1.82,95% CI：1.02–3.25，p = 0.042）和 Phascolarctobacterium 屬（OR：1.64,95% CI：1.00–2.69，p = 0.048）與其他未指定類型的 NHL 的風(fēng)險呈正相關(guān)。 相反，扁豆門（OR：0.72,95% CI：0.53–0.98，p = 0.038）、 桿菌目（OR：0.75,95% CI：0.58–0.97，淋巴瘤風(fēng)險，而淋巴瘤門 p = 0.027）和 Slackia 屬（OR：0.60,95% CI：0.39–0.92，p = 0.018）與風(fēng)險呈負(fù)相關(guān)。 加權(quán)中位數(shù)和加權(quán)模式在OR中均表現(xiàn)出一致的趨勢。

IVW分析表明，6個腸道微生物群分類群對HL有因果影響，如圖所示。我們發(fā)現(xiàn)雙歧桿菌科（OR：1.85,95% CI：1.08–3.16，p = 0.025） 和腹桿菌屬（OR：1.68,95% CI：1.00–2.80，p = 0.049）與 HL 風(fēng)險呈正相關(guān)，而 Desulfovibrionaceae 家族（OR：0.53,95% CI：0.29–0.99，p = 0.045）、乳桿菌科（OR：0.65,95 % CI：0.44–0.97， p = 0.035）、Candidatus Soleaferrea 屬 （OR： 0.58， 95% CI： 0.40–0.86， p = 0.007） 和 Coprobacter 屬 （OR： 0.63， 95% CI： 0.42–0.96， p = 0.031） 與 HL 風(fēng)險呈負(fù)相關(guān)。加權(quán)中位數(shù)和加權(quán)模式在OR中均表現(xiàn)出一致的趨勢。

在敏感性分析中，我們評估了水平多效性和異質(zhì)性，詳見補(bǔ)充表S12-S13和補(bǔ)充圖S2。 MR-PRESSO測試顯示這些SNP中沒有水平多效性的跡象，如全局測試中超過0.05的p值所示。此外，根據(jù) Cochran's Q 統(tǒng)計，由于跨儀器效應(yīng)，我們沒有檢測到多效性，IVW 的 Cochran's Q 超過 0.05。MR-Egger 分析證實了定向多效性的缺失，其 p 值截距也大于 0.05。此外，留一分析證明了結(jié)果的穩(wěn)健性和穩(wěn)定性。腸道菌群的敏感性分析表明與淋巴瘤亞型有顯著的因果關(guān)系，見表1。

淋巴瘤對腸道菌群的因果影響我們進(jìn)行了反向MR分析，以探索淋巴瘤亞型與正向顯著細(xì)菌之間的潛在因果關(guān)系?？紤]到使用p 5 × 10的嚴(yán)格閾值鑒定的淋巴瘤相關(guān)SNP的鑒定有限<-8，我們采用了更寬松的閾值來減輕因SNP數(shù)量不足而產(chǎn)生的潛在不準(zhǔn)確性。 除了其他和未指定類型的NHL與Lentisphaerae門之間的反向因果關(guān)系，該門被排除在外以保證我們結(jié)果的穩(wěn)健性，我們通常使用IVW方法沒有發(fā)現(xiàn)統(tǒng)計學(xué)上的顯著關(guān)聯(lián)。

統(tǒng)計學(xué)方法

腸道微生物群GWAS信息是從MiBioGen聯(lián)盟進(jìn)行的詳盡微生物組GWAS中獲得的（Kurilshikov等人，2021）。這個多種族GWAS包括來自24個研究隊列的18,340人。該分析利用通過16S核糖體RNA基因測序獲得的圖譜，考慮了年齡、性別、研究特定因素和遺傳主要成分等變量，證明了常染色體人類遺傳變異與腸道微生物群之間的聯(lián)系。本研究共包含196個分類單元，包括119屬、32科、20目、16類和9門，不包括那些無法明確分類或命名的分類單元。

淋巴瘤 GWAS 我們從 FinnGen 數(shù)據(jù)庫 （https://www.finngen.fi/en） 中檢索了淋巴瘤的數(shù)據(jù)。HL的GWAS包括780例病例和299952對照。對于NHL，GWAS數(shù)據(jù)涵蓋了各種亞型：彌漫性大B細(xì)胞淋巴瘤（DLBCL）有1010例和287137對照，濾泡性淋巴瘤（FL）有1081例和299952對照，成熟T/NK細(xì)胞淋巴瘤有335例和299952對照，以及其他和未指定類型的NHL有1088例和299952對照。這種全面的分類提供了關(guān)于遺傳變異的更準(zhǔn)確和廣泛的數(shù)據(jù)，有助于我們在 MR 研究中探索腸道微生物群與不同惡性淋巴瘤病理亞型之間的因果關(guān)系。

選擇合格的靜脈注射為了保證我們關(guān)于腸道微生物群與淋巴瘤易感性之間可能關(guān)聯(lián)的研究結(jié)果的準(zhǔn)確性和真實性，我們采用了一系列質(zhì)量控制措施來確定最佳的獨立靜脈注射。首先，選擇用作靜脈注射的SNP需要表現(xiàn)出與腸道微生物群的顯著相關(guān)性。為了探索潛在的因果關(guān)聯(lián)，我們采用了 p = 1 × 10 的位點范圍顯著性閾值-5，與先前分析中經(jīng)常使用的閾值一致（Liu 等人，2022 年;Lopera-Maya 等人，2022 年）。此外，在反向MR分析中，我們采用了寬松的全基因組顯著性閾值，p = 5×10-6鑒定與淋巴瘤相關(guān)的 SNP（Su 等人，2023 年;Xie 等人，2023 年）。其次，為了減輕由于強(qiáng)連鎖不平衡 （LD） 導(dǎo)致的潛在偏差，我們進(jìn)行了 LD 分析，閾值設(shè)置為 r2 < 0.001，聚集距離為 10,000 kb，使用 1000 個基因組計劃歐洲樣本作為參考面板（Purcell 等人，2007 年）。第三，為了盡量減少任何潛在的混雜因素，在 PhenoScanner 網(wǎng)站上評估了每個 SNP（Kamat 等人，2019 年）。第四，從結(jié)局?jǐn)?shù)據(jù)集中檢索所選SNP的GWAS匯總數(shù)據(jù)，SNP與結(jié)局密切相關(guān)（p < 5 × 10-5）被排除在外。第五，為了評估水平多效性的潛在影響，我們進(jìn)行了MR-Egger回歸檢驗和MR-PRESSO分析。同時，我們排除了回文SNP，以避免與鏈方向或等位基因編碼相關(guān)的潛在偏差，并刪除了模棱兩可和重復(fù)的SNP。最后，如果 F 統(tǒng)計量低于 10，則省略 IV，使用以下方程計算：F = R2 (n – k – 1）/k（1 –R2 ).這里R2 表示所有 SNP 所占的方差比例，n 表示總樣本量，k 表示 SNP 的數(shù)量。

為了研究因果關(guān)系，采用逆方差加權(quán) （IVW） 方法作為綜合效應(yīng)估計的主要方法（Burgess 等人，2013 年）。使用各種方法進(jìn)行補(bǔ)充計算，其中包括 MR-Egger、加權(quán)模式和加權(quán)中位數(shù)，每種方法都考慮了關(guān)于潛在多效性的不同假設(shè)（Bowden 等人，2015 年，2016 年）。這些互補(bǔ)方法的結(jié)果與IVW估計值的一致性增強(qiáng)了我們研究結(jié)果的可信度。對于顯著性評估，應(yīng)用了Bonferroni校正，通過將0.05除以每個水平上存在的獨立細(xì)菌分類群的總數(shù)來設(shè)置每個分類水平的顯著性閾值：門（p < 5.6 × 10–3）、類（第 3.1 × 10 <–3）、順序 （p < 2.5 × 10–3）、家庭（第 < 頁 1.6 × 10–3）和屬（p < 4.2 × 10–4).此外，介于既定顯著性閾值和 0.05 之間的 p 值被解釋為暗示潛在的因果關(guān)系。

我們計算了異質(zhì)性統(tǒng)計量Q來評估效應(yīng)估計。使用MR多效性殘差和異常值（MR-PRESSO）方法鑒定異常值SNP（Verbanck等人，2018）。此外，我們實施了留一技術(shù)來評估單個儀器對 MR 結(jié)果的潛在影響。

我們使用統(tǒng)計軟件R（4.2.2版）進(jìn)行所有分析，采用TwoSampleMR（0.5.6版）和MR-PRESSO（1.0版）軟件包。。

匯總數(shù)據(jù)集可通過OPEN GWAS免費訪問。我們利用了參與研究的數(shù)據(jù)，這些研究已獲得監(jiān)督人體實驗標(biāo)準(zhǔn)的委員會的倫理許可。這消除了對本研究的額外倫理批準(zhǔn)的需要。

小結(jié)

該研究采用雙向雙樣本孟德爾隨機(jī)化方法,探討了腸道微生物群與不同類型淋巴瘤之間的潛在因果關(guān)系。結(jié)果顯示,多個腸道細(xì)菌分類群與彌漫性大B細(xì)胞淋巴瘤、濾泡性淋巴瘤、成熟T/NK細(xì)胞淋巴瘤以及其他未指定類型的非霍奇金淋巴瘤存在顯著的因果關(guān)系。例如,瘤胃球菌科UCG002屬和Coprobacter屬與彌漫性大B細(xì)胞淋巴瘤風(fēng)險呈正相關(guān),而Alistipes屬和Turicibacter屬則與其風(fēng)險呈負(fù)相關(guān)。此外,一些細(xì)菌分類群如雙歧桿菌科和腹桿菌屬也與霍奇金淋巴瘤風(fēng)險呈正相關(guān)。反向分析未發(fā)現(xiàn)淋巴瘤與腸道微生物群之間存在明顯的反向因果關(guān)系。這些發(fā)現(xiàn)為進(jìn)一步探索腸道微生物在淋巴瘤發(fā)病機(jī)制中的作用提供了新的見解,并為預(yù)防和管理淋巴瘤提供了潛在的微生物學(xué)靶點。這項研究對于未來的預(yù)防和治療策略制定具有重要意義，為我們提供了一種新的發(fā)文思路，趕快學(xué)起來吧！