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COVID-19與青光眼:孟德爾隨機化揭示的因果關系初步證據(jù)

發(fā)布時間:  2024-06-19 11:25:40


2024年6月14日,一篇題為Mendelian randomization supports causality between COVID-19 and glaucoma的孟德爾隨機化研究論文發(fā)表于《Medicine (Baltimore)》,作者為中國學者。

這項研究采用雙向雙樣本孟德爾隨機化(MR)方法研究2019年冠狀病毒病(COVID-19)與青光眼之間是否存在因果關系。研究揭示了腸道微生物群與淋巴瘤之間的實質性因果關系,該 MR 分析提供了 COVID-19 與青光眼之間潛在因果關系的初步證據(jù)。



1 摘要與主要研究



1.1 摘要

為了確定2019年冠狀病毒?。–OVID-19)與青光眼之間是否存在因果關系,采用2樣本孟德爾隨機化(MR)設計,采用逆方差加權的主要分析方法。采用異質性檢驗、多效性檢驗和留一法檢驗結果可靠性。根據(jù) IEU 全基因組關聯(lián)研究 (GWAS) 的數(shù)據(jù),使用四組工具變量 (IV) 來調查 COVID-19 與青光眼風險之間的因果關系。結果顯示,2組COVID-19(RELEASE)與青光眼風險顯著相關[ID:EBI-a-GCST011071,OR(95%CI)=1.227(1.076-1.400),P=.002259;ID:EBI-a-GCST011073:OR (95% CI) = 1.164 (1.022–1.327),P = .022450;2 組 COVID-19 住院治療與青光眼風險顯著相關 (ID:ebi-a-GCST011081,OR (95% CI) = 1.156 (1.033–1.292),P = .011342;ID:EBI-a-GCST011082:OR (95% CI) = 1.097 (1.007–1.196),P = .034908)]。3種試驗方法的靈敏度均為可接受(P > .05)??傊?,該 MR 分析提供了 COVID-19 與青光眼之間潛在因果關系的初步證據(jù)。

1.2 SNPs和弱IV試驗的結果

最后,我們從 IEU 中提取數(shù)據(jù)并分析了 2 組 COVID-19 相關 SNP(GWAS ID ebi-a-GCST011071 和 ebi-a-GCST011073)、2 組 COVID-19 住院相關 SNP(GWAS ID ebi-a-GCST011081 和 ebi-a-GCST011082)和 1 組青光眼(GWAS ID ebi-a-GCST009722)。來自 2 個 COVID-19 隊列的 24 個 SNP 被用作遺傳工具,2 個 COVID-19 住院隊列與青光眼風險相關。所有設置為 IV 的 SNP 都具有 P < 5 × 10?8 和 F > 10。

1.3 兩樣本MR分析的結果

總體而言,使用不同方法進行 MR 估計后,COVID-19 與因青光眼住院的 COVID-19 之間存在顯著的因果關聯(lián)。結果顯示COVID-19(EBI-a-GCST011071):OR(95%CI)=1.227(1.076~1.400),P=.002259;COVID-19(EBI-a-GCST011073):OR (95% CI) = 1.164 (1.022~1.327),P = .022450;COVID-19 住院(EBI-a-GCST011081):OR(95% CI)=1.156(1.033~1.292),P= .011342;COVID-19住院(EBI-a-GCST011082):OR(95% CI)= 1.097 (1.007~1.196),P = .034908。此外,MR-Egger 回歸、加權中位數(shù)、簡單模態(tài)和加權模態(tài)方法也產生了類似的結果。


1.4 敏感性的評估

如表所示,MR-Egger截距和MR-PRESSO全局檢驗結果無統(tǒng)計學意義,表明MR分析結果可靠。留一法結果表明,逐漸去除各SNP后,剩余SNP的結果與原始結果相似,漏斗圖大致呈對稱性,表明在IV中未發(fā)現(xiàn)對結果有較強影響的SNP。




2 統(tǒng)計學方法



2.1 數(shù)據(jù)源

我們的數(shù)據(jù)均來自MRC綜合流行病學部門(IEU)GWAS匯總日期(https://www.ebi.ac.uk/gwas/)。遺傳儀器中與 COVID-19 相關的 SNP 基于對 COVID-19 和 COVID-19 住院的 GWAS 的 COVID-19 宿主遺傳學倡議的研究,[27]大多數(shù)關于暴露的研究是在歐洲(55%)和美國(28%)進行的,英國(10%)和意大利(9%)。青光眼的結果[28]基因隊列來自澳大利亞、英國和美國??偣舱心剂?4 組儀器變量來研究 COVID-19 在青光眼中的因果作用,包括與青光眼相關的 SNP(多性狀分析),這些 SNP 是從 GWAS 的多性狀分析中提取的。

2.2工具變量

為了獲得合格的遺傳變異作為工具變量 (IV),進行了一組質量控制分析?;贛R分析的3個核心假設,我們選擇了與全基因組暴露獨立相關的SNP(P < 5 × 10?8)作為儀器SNP。同時,我們設置參數(shù)(R2 <0.001 和 kb = 1000)以排除連鎖不平衡,并丟棄與其他 IV 有更強相關性的變體。使用GWAS目錄(https://www.ebi.ac.uk/gwas/)選擇混雜因素。

2.3統(tǒng)計分析

使用 R 軟件(版本 4.3.0,R 開發(fā)核心團隊,奧地利維也納)、TwoSampleMR(版本 0.5.7)和 MRPRESSO(版本 1.0)進行統(tǒng)計分析。我們使用 2 樣本 MR 分析和反方差權重來評估 COVID-19 與青光眼之間的關系。Bonferroni 校正后 P 值< 5 × 10?8 被認為具有統(tǒng)計學意義。此外,還使用了其他方法來補充 MR 結果,包括 MR-Egger 回歸、加權中位數(shù)、簡單模態(tài)和加權模態(tài)方法。

采用異質性檢驗、多效性檢驗和留一法檢測靈敏度。如果 MR-Egger 回歸分析的多效性檢驗顯示水平多效性,則應用 MR-PRESSO 異常值校正。

3 小結


這項孟德爾隨機化(MR)研究使用雙向雙樣本設計,探討了2019年冠狀病毒?。–OVID-19)與青光眼之間的潛在因果關系。研究利用四組工具變量(IV)分析了COVID-19感染及住院治療與青光眼風險的關聯(lián)性,結果顯示出顯著的相關性。通過多種統(tǒng)計方法的驗證,包括MR-Egger回歸和加權中位數(shù)法,進一步強化了這一關聯(lián)的可靠性。此外,靈敏度分析顯示結果穩(wěn)健,未發(fā)現(xiàn)強影響因素??傮w而言,本研究提供了初步證據(jù)支持COVID-19可能與青光眼發(fā)病風險之間存在因果關系的觀點,為進一步深入探討二者關系奠定了基礎。


THE END







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