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BioLINCC數(shù)據(jù)庫使用指南及案例

發(fā)布時間:  2024-10-14 13:49:06


PART 01

數(shù)據(jù)庫概述

——1.1背景信息——

BioLINCC(Biologic Specimen and Data Repository for NHLBI Studies)是由美國國家心肺血液研究所(National Heart, Lung, and Blood Institute,NHLBI)于2008年建立的數(shù)據(jù)庫。其旨在協(xié)助科研人員方便地獲取研究數(shù)據(jù),提高NHLBI資助項目的轉(zhuǎn)化率。BioLINCC 網(wǎng)站于 2009 年推出,其中包含 38 個生物樣本集合和來自 108 項研究的數(shù)據(jù)。到第四年在線年末,已鏈接并發(fā)布了 2600 個生物樣本集合,并提供了 381 項研究的數(shù)據(jù)以供索取。到第四年年底,注冊用戶數(shù)量接近 851 人,并且繼續(xù)顯示出每年新用戶增長率的趨勢。BioLINCC 已滿足 600 個請求,包括 75 個數(shù)據(jù)收集,以及 154 個教學(xué)數(shù)據(jù)集請求和 147 個數(shù)據(jù)更新協(xié)議。

——1.2數(shù)據(jù)庫用途——

國家心肺血液研究所 (NHLBI) 生物樣本和數(shù)據(jù)存儲庫由兩個實體項目組成:①生物樣本存儲庫 (Biorepository),由NHLBI、血液疾病和資源部、輸血部管理醫(yī)學(xué)和細胞治療科;以及②NHLBI 數(shù)據(jù)存儲庫,由NHLBI、心血管科學(xué)部 (DCVS)、流行病學(xué)科管理。這兩個項目使命相似,即通過向合格的研究人員提供對存儲生物樣本和數(shù)據(jù)收集的訪問權(quán)限,以此加強和促進心血管病、肺部和血液疾病的進一步研究。

——1.3數(shù)據(jù)采集方式——

美國國立衛(wèi)生研究院 (NIH) 下屬的國家心肺血液研究所 (NHLBI) 于 1976 年建立了一個生物儲存庫,最初存檔了基于人群的血液制品安全調(diào)查的生物樣本。后來它擴展到來自心臟、肺和血液疾病的臨床和流行病學(xué)研究的生物樣本。NHLBI 還在 2000 年建立了一個數(shù)據(jù)存儲庫,用于存儲和分發(fā)來自 NHLBI 贊助的研究的研究數(shù)據(jù)。NHLBI 生物標本和數(shù)據(jù)存儲庫信息協(xié)調(diào)中心 (BioLINCC) 成立于 2008 年,旨在開發(fā)鏈接這兩個相關(guān) NHLBI 存儲庫內(nèi)容所需的基礎(chǔ)設(shè)施,促進對存儲庫資源的訪問,并簡化請求流程。

——1.4樣本特征——

NHBLI生物標本數(shù)據(jù)庫負責(zé)獲取、儲存生物標本,同時將質(zhì)量合格的生物樣本分配給科研人員。早期BioLINCC生物數(shù)據(jù)庫的標本主要包括血漿、血清以及全血,這些標本來源于研究供血和受血患者的幾項臨床研究。近幾年,生物數(shù)據(jù)庫還包含了來源于心血管、肺部疾病以及血液系統(tǒng)疾病研究的標本。NHBLI臨床研究數(shù)據(jù)主要來源于最近70多年以來的流行病學(xué)研究和臨床研究,包含來自于145家中心臨床注冊研究和觀察性研究的數(shù)十萬患者數(shù)據(jù)。來源于臨床注冊研究的數(shù)據(jù)包含患者基線資料、中期隨訪信息、輔助研究以及預(yù)后資料(包含實驗室檢查)。


PART 02

使用方式

——2.1訪問和獲取——

BioLINCC 網(wǎng)站還提供了一個用于處理請求的私人工作區(qū)。需要注冊才能從 NHLBI 生物制劑和數(shù)據(jù)存儲庫請求資源。希望訪問網(wǎng)站全部功能的 BioLINCC 網(wǎng)站訪問者需要注冊。注冊既快速又免費。在注冊請求中提交用戶的聯(lián)系信息后,一封自動確認電子郵件將發(fā)送到指定的電子郵件地址。單擊隨附的鏈接可建立帳戶并啟用對站點的私有工作區(qū)功能的訪問。



——2.2數(shù)據(jù)使用指南——

訪問者通過在 BioLINCC 網(wǎng)站輸入關(guān)鍵詞可以搜索感興趣的研究項目,如需獲取某項研究的數(shù)據(jù)或者生物樣本需要在網(wǎng)站進行注冊并完成在線申請流程和提交相關(guān)材料文件。

相關(guān)材料包括研究方案、倫理審查委員會批件、研究者簡歷、網(wǎng)站申請表、數(shù)據(jù)原單位授權(quán)使用同意書,等待 NHLBI 人員審批通過之后方可獲得。




PART 03

數(shù)據(jù)類型

數(shù)據(jù)集本身有兩種類型:用于 NHLBI 存檔目的的私人、未編輯的研究數(shù)據(jù),以及為刪除個人標識符(例如,姓名、具體日期、地址、診所位置、社會安全號碼等)或折疊或重新編碼數(shù)據(jù)(例如,將年齡重新編碼為年齡分組,將特定異常值重新編碼為高端或低端分組)而編輯的公共研究數(shù)據(jù), 以確保無法輕易識別研究參與者。大多數(shù)數(shù)據(jù)包中還包括文件,通常稱為 README 文件,它為數(shù)據(jù)接收者提供有關(guān)研究歷史及其進行方式、研究過程中任何關(guān)鍵事件或研究方法變化的信息,以及在創(chuàng)建公共數(shù)據(jù)集時應(yīng)用的編輯和代碼折疊的詳細信息。


PART 04

研究案例


2022年7月美國馬里蘭州巴爾的摩市約翰霍普金斯大學(xué)醫(yī)學(xué)院學(xué)者在《Front Med (Lausanne)》(二區(qū)top, IF=3.1)發(fā)標題為:“Plasma Proprotein Convertase Subtilisin/kexin Type 9 (PCSK9) in the Acute Respiratory Distress Syndrome”的研究論文。文章基于 NIH BioLINCC 數(shù)據(jù)存儲庫的數(shù)據(jù)和血漿樣本,組建了一個由 1,577 名急性呼吸窘迫綜合征 (ARDS) 患者組成的隊列,這些患者參加了兩項先前完成的臨床試驗,即 EDEN 和 SAILS。使用 Cox 比例風(fēng)險模型評估了 PCSK9 與死亡率的相關(guān)性。還評估了與 PCSK9 水平相關(guān)的臨床因素。血漿 PCSK9 與 ARDS 患者的死亡率無關(guān),但較高的 PCSK9 水平與無 ICU 和無呼吸機天數(shù)較少的次要結(jié)局相關(guān)。


2021年11月伊利諾伊州芝加哥市芝加哥市芝加哥大學(xué)醫(yī)學(xué)院心臟病學(xué)部學(xué)者在《J Card Fail》(二區(qū)top, IF=6.7)發(fā)標題為:“Improved Prognostic Performance of Cardiac Power Output With Right Atrial Pressure: A Subanalysis of the ESCAPE Trial”的研究論文。文章基于 Biolincc 數(shù)據(jù)庫,從 ESCAPE 試驗中獲得了患者水平的數(shù)據(jù)。在單變量 logistic 回歸中,CPO 與主要結(jié)局無關(guān) (比值比 0.32,95% 置信區(qū)間 0.08-1.29,P = .11),但 CPO-RAP 相關(guān) (比值比 0.10,95% 置信區(qū)間 0.02-0.54,P < .01)。在 Kaplan-Meier 分析中,CPO 的結(jié)局無顯著差異 (76% vs 64%,P = .08),但 CPO-RAP 的結(jié)局存在顯著差異 (81% vs 63%,P = .01)。 結(jié)果表明,納入 RAP 導(dǎo)致與主要結(jié)局顯著相關(guān);僅靠 CPO 就不是。


2018年10月山東大學(xué)公共衛(wèi)生學(xué)院生物統(tǒng)計學(xué)系學(xué)者在《Diabetologia》(一區(qū)top, IF=8.4)發(fā)標題為:“Trajectories of childhood BMI and adult diabetes: the Bogalusa Heart Study”的研究論文。文章基于 Biolincc 數(shù)據(jù)庫,描述兒童時期 BMI 的縱向概況,并檢查與水平無關(guān)的兒童 BMI 軌跡對成人 2 型糖尿病的影響。模型估計的兒童年齡點BMI水平和線性斜率分別以1年為間隔,使用生長曲線參數(shù)及其一階導(dǎo)數(shù)計算。結(jié)果表明,兒童期至成年期BMI符合三次生長曲線;線性和非線性曲線參數(shù)在種族-性別組之間存在顯著差異。兒童 BMI 軌跡對成人糖尿病有重大影響,與 BMI 水平無關(guān),青春期是晚年糖尿病發(fā)展的關(guān)鍵窗口期。




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